Окончил Харьковское Высшее танковое командное училище. Проходил военную службу в Венгрии и Белоруссии. В 1995—1999 годах учился в Академии бронетанковых войск им. маршала Малиновского.

В период боевых действий против незаконных вооружённых формирований в Чеченской республике в январе 1995 года при взрыве фугаса получил контузию головного мозга.

В августе 1998 года назначен командиром 160-го гвардейского танкового полка, в январе 2000 года получил звание полковника. В октябре и ноябре 1999 года Буданов дважды был контужен при разрыве снаряда и при обстреле танка из гранатомёта.

Кандидат в мастера спорта по самбо. Женат, имеет двоих детей.

Арестован 27 марта 2000 года по обвинению в похищении, изнасиловании и убийстве 18-летней Эльзы Кунгаевой. Обвинение в изнасиловании после проведённых экспертиз и показаний участников дела было снято.

25 июля 2003 года приговором Северо-Кавказского окружного военного суда Юрий Буданов был осуждён по пункту «в» части 2 статьи 105 УК РФ («Убийство») к 9 годам лишения свободы, по части 1 статьи 126 УК РФ («Похищение человека») к 6 годам лишения свободы, по пунктам «а, в» части 3 статьи 286 УК РФ («Превышение должностных полномочий») к 5 годам лишения свободы с лишением права занимать должности, связанные с организационно-распорядительными функциями в государственных органах сроком на 3 года. Окончательное наказание по совокупности совершённых преступлений путём частичного сложения наказаний было определено в виде лишения свободы сроком 10 лет с отбыванием наказания в исправительной колонии строгого режима и с лишением права занимать должности, связанные с организационно-распорядительными функциями в государственных органах сроком на 3 года. В соответствии со статьёй 48 УК РФ Юрий Буданов был лишён государственной награды — ордена Мужества и воинского звания «полковник».

В мае 2004 года Буданов подал прошение о помиловании. 15 сентября 2004 года комиссия по помилованию удовлетворила его ходатайство. Губернатор Ульяновской области Владимир Шаманов подписал ходатайство о помиловании.

Решение комиссии вызвало протесты ряда политиков, правозащитников и журналистов. 21 сентября 2004 года в Грозном прошёл митинг, на котором был выражен протест против помилования. Рамзан Кадыров заявил: «если это помилование Буданова произойдёт, мы найдём возможность воздать ему по заслугам».

21 сентября 2004 года Буданов отозвал свою просьбу о помиловании, заявление было удовлетворено.

В ноябре 2006 года Буданов подал в суд Ульяновской области ходатайство об условно-досрочном освобождении, в просьбе было отказано. 24 декабря 2008 года суд удовлетворил прошение Юрия Буданова об УДО. 15 января 2009 года вышел на свободу.

Буданов отбыл наказание в 11-м отряде исправительного учреждения ЮИ 78/3 в Ульяновской области.